思いつきメモ。
●検索対応に専用ページを用意するのは個人的に推奨したくない。Googleはよそからリンクされてないページにはロボットが来ない。普通に使ってる目次ページのほうがいい。別に検索対応で入れてるわけじゃない文字列でも拾うのがこの検索の醍醐味だと思うし。
●現時点で人間の目に見せずにGoogleにヒットさせられるとわかっているテク。
・反転文字 （←<font color="#ffffff">は隠し文字スパムと判定されるというウワサも）
・スタイルシートのdisplay:none
・スタイルシートのvisibility:hidden
・<noscript>内に書く
・<noframes>内に書く
・<meta http-equiv="refresh" content="0;URL=http://〜">でリダイレクトするページに書く
・<body onload="location.href='http://〜'">でリダイレクトするページに書く
・画像の代替テキスト（<img alt="">）に書く
※どれもSEOスパムと紙一重のワザ。ご利用は自己責任で。
参考になるページ→SEOスパム（検索エンジンスパム）:実験サイト
●バナーで仕込むのはどうでしょう
このページはオンライン小説検索に対応してますよーという、ちっこいバナーを用意して、そのバナーの代替テキストとしてキーワードを入れる。代替テキストがGoogleにヒットする（サマリーに出るし強調表示もされる）のは立証済み。ついでにバナークリックで基地（NNRのGoogleでオンライン小説作品サーチとか）に飛べると効率的かも。
目次にいらんバナーを置きたくない人もいると思うので、ひとつの方法として提示する程度で。
実際のところ、どこにコメントをしたら良いのかよく分からないですが……。
半ば以上部外者の意見ですので話半分程度で見ていただきたいのですが、
除外キーワード云々より、単純に愛称を造語して、キーワードの仕込み方の説明ページなどを検索よけすればいいのではという気がするのですが、どうでしょうか。ちなみに、ありえない単語で。小説ぐるぐーるとか(笑)。普通使わないだろうというようなもので。意味ないかもしれませんけれども。
それと、検索にヒットさせる予定の言葉は、ドキュメント本体に目に見える形で記載して欲しいと個人的にはとても思います。ドキュメントのどの部分にヒットしたのかを確認してしまうんですよね、いつも。まあ、特殊な要望と言われれば、それまでなのですけれども。
ページ末尾にでも「オンライン小説検索」対応作品情報：○○みたいな感じででも、あると安心ですし、他のキーワードも何が使ってあるのか気になります。あくまで私個人は。
それで、検索対応のもくじは、普段使っているのかどうかに関係なく、作品情報、作者情報、ダウンロードファイルへのリンクが過不足なくあるのが個人的にはものすごくいいなぁなんて思います。
……ところで今思ったのですが、検索キーワードをフレーズで【小説ぐぐるん対応作品情報】とかにしたらいいのかもしれない。いや、名称はともかくとしてですが(笑)。そして作品情報にはあらすじがあると嬉しいなぁ。
検索するとヒット文字列とあらすじが……って、すごく便利そうです。ああ、[あらすじ]も検索語に加えればいいのかな？ 結果ページはヒットした文字列付近を拾うらしいですし。
長々と相すみませぬ。引っ掻き回すだけで参考にはならないかもしれません。失礼します。
コメントありがとうございます。
キーワード仕込み方のページを検索よけしてしまうと、それはそれで不便じゃないかなあと思うんですが。Googleをふらふらして面白い情報を拾うというのが私は良くあるので。そのページを求めて検索かける場合もあるとお思いますので。
共通キーワード（いまだと「オンライン小説検索対応〜」というやつ）以外でこの仕組みの愛称を決めるという案は、いいなと思います。
検索に引っ掛ける言葉を見せるか見せないかは、ページ管理人の好みでいいと思います。それこそタイトルとか見出しとか使ってでっかく仕込む（笑）のもアリでしょう。私も好みとしては見えるほうが好きですが、ページデザイン優先という方もいらっしゃるかと。
ノイズを減らすのと参加しやすくするのは立ち上げ側の努力が要るでしょうが、検索結果を読者にとって魅力的にするのは各個人の工夫に任せてもいいんじゃないかと思います。そーゆーのは努力したもん勝ちが好きです、私は。
追伸：重複コメントは消しましたのでご心配なく。