XREAのファイルマネージャ機能に不具合が生じているようです。
具体的には、全てのファイルがバイナリモードで転送・編集されてしまいます。
このため、CGIファイルをファイルマネージャで転送したり編集したりすると、エラーが出てしまいます。（いきなり小人さんにエラーが出てめっちゃ青ざめました）
まー、XREAみたいなサーバでファイルマネージャ使ってる人がどのくらいいるか疑問ですが。（かなり高機能なんで結構便利なんですけどね。フォルダまとめてzip圧縮してアップすると勝手に展開してくれるし）
ひとまずの対処法もわかったので記録しておきます。
バイナリモードで転送される＝Windowsの改行コードCR+LFをUNIXの改行コードLFに自動変換してくれない、つーことですから、最初から改行コードをLFにして保存したものを転送すれば、バイナリモードで転送されても無事動きます。
TeraPadに「漢字・改行コード指定保存」という機能があるので、これで改行コードを「LF」に変更してアップロードすればOKです。他のエディタでも同様の機能があればOKです。たとえばez-HTMLなら「文字コードを指定して保存」など。
ファイルマネージャの編集機能はCGIファイル（CGIが利用するライブラリやデータファイルも含む）に対しては使わないほうが吉です。面倒でもいったんローカルにLFで保存してアップロード。
とりあえずXREAのサポート板に要望出してきました。早く治ってくれい。
