個人的には、同一サイト内では基本的に同窓、別サイトへの移動は別窓、というのがわかりやすくて好きです。
W3C的にはターゲットの指定そのものがアウトだったりしますけどねー。むーん。
まあそれは置いておいて、同窓リンクを別窓で開く方法はわりと知られているみたいですが（Windowsの場合Shift押しながらリンクをクリックor右クリック→「新しいウィンドウで開く」）別窓リンクを同窓で開く方法はあんまり知られてないみたいのでご紹介しとこうかなと思います。
やりかたは、リンクをブラウザのアドレス欄にドラッグ＆ドロップです。
javascriptで開いているものは無理ですが、a href="〜" target="〜" のものはこれで強制的に同窓リンクに出来ます。
ちなみに、リンクを別のウィンドウの画面にドラッグ＆ドロップすればそのウィンドウで開けます。
ついでに、Ctrl+Nでアクティブなブラウザウィンドウをコピーできます。Ctrl+Wはアクティブなウィンドウを閉じます。（Ctrl+Wはいろんな場面で閉じるために使える便利なショートカット）
ショートカットといえば、バックスペースは「戻る」、Shift+バックスペースは「進む」、スペースは下方向へのスクロールにそれぞれ対応します。
スペース、タブ、エンター、バックスペース、Shift、Ctrl、各種ショートカットを駆使すると、まったくマウスに触らずにページを行き来できます。サイトの確認作業とかはこっちのほうが楽だったりします。（たとえば大量のリンクを確認する場合に、いちいちクリックするよりタブ移動→Shift＋エンターで別窓オープン→OKならCtrl+Wでウィンドウを閉じる、のほうが楽だったり）
